Công ty có cấu trúc bộ máy quản lý theo đúng mô hình Công ty cổ phần (xem sơ đồ trang sau), bao gồm:
- Đại hội đồng cổ đông.
Đại hội đồng cổ đông là cơ quan quyền lực có thẩm quyền cao nhất của Công ty gồm tất cả các cổ đông có quyền biểu quyết, họp mỗi năm ít nhất 01 lần. ĐHĐCĐ quyết định những vấn đề được Luật pháp và điều lệ Công ty quy định. Đặc biệt, ĐHĐCĐ sẽ thông qua các báo cáo tài chính hàng năm của Công ty và ngân sách tài chính cho năm tiếp theo, sẽ bầu hoặc bãi nhiệm thành viên Hội đồng quản trị và Ban kiểm soát của Công ty.
- Hội đồng quản trị.
Hội đồng quản trị là cơ quan quản lý Công ty, có toàn quyền nhân danh Công ty để quyết định mọi vấn đề liên quan đến hoạt động của Công ty trừ những vấn đề thuộc thẩm quyền của Đại hội đồng cổ đông. Số thành viên của Hội đồng quản trị có từ 5 đến 7 thành viên. Hiện tại Hội đồng quản trị Công ty Cổ phần Dược phẩm Trung ương Vidipha có 05 thành viên. Người đại diện theo pháp luật của Công ty là Chủ tịch HĐQT.
- Ban kiểm soát.
Ban kiểm soát là cơ quan trực thuộc Đại hội đồng cổ đông, do Đại hội đồng cổ đông bầu ra. Ban kiểm soát có nhiệm vụ kiểm soát mọi mặt hoạt động quản trị và điều hành sản xuất của Công ty. Hiện Ban kiểm soát Công ty gồm 3 thành viên, mỗi thành viên có nhiệm kỳ 04 năm. Ban kiểm soát hoạt động độc lập với Hội đồng quản trị và Ban Giám đốc.
- Ban Giám đốc.
Ban Giám đốc của công ty gồm có Giám đốc và 01 Phó Giám đốc. Giám đốc do HĐQT bổ nhiệm, là người điều hành hoạt động hàng ngày của Công ty và chịu trách nhiệm trước Hội đồng quản trị về việc thực hiện các quyền và nhiệm vụ được giao.

SƠ ĐỒ CƠ CẤU BỘ MÁY QUẢN LÝ CÔNG TY